Seconda sessione caratterizzata da una pista a lungo umida, ad avere la meglio Dani Pedrosa mentre molti non sono scesi in pista. Nel finale gomme slick per alcuni, ma con tempi comunque alti.
Uno scroscio di pioggia precedente la sessione ha bagnato per bene l’asfalto di Motegi. Poco male, infine: le previsioni davano pioggia per tutto il giorno, ma almeno le FP1 si sono salvate. Il turno è iniziato a rilento, nel finale la maggior parte dei piloti scesi in pista ha azzardato con buoni risultati l’utilizzo delle gomme slick. A chiudere in prima posizione è stato Dani Pedrosa, in 1’48”136 con 12 giri completati, la quasi totalità dei quali solo nel finale con le slick. Seguono Redding (+0”499) e Petrucci (+0”803), entrambi usciti dai box solamente nel finale con gomme da asciutto: per il Petrux sono solamente 3 i giri completati. Jack Miller, solitamente mago delle condizioni difficili, ha chiuso in quarta posizione senza utilizzare le rain.
Molto attivo anche su pista ancora molto umida è stato Zarco, che chiude in quinta posizione davanti al compagno Syahrin. Hanno lavorato con le Michelin Rain anche Simeon e Luthi, che chiudono in ottava e nona posizione,mentre Smith ha chiuso settimo. A completare la Top10 troviamo Guintoli, mentre le due Yamaha ufficiali sono molto indietro. Rossi è 14° davanti a Vinales, ma i due alfieri di Iwata non hanno utilizzato gomme rain: addirittura Maverick si è prodigato in u long run di 14 giri, raccogliendo dati importanti.
Né Marquez né Dovizioso sono scesi in pista, come loro il quasi debuttante Torres, i fratelli Aleix e Pol Espargaro, Cal cructhlow ed Andrea Iannone.